Nur 15 Abgüsse hatten den Krieg überstanden. Mit diesem winzigen Bestand zog das Museum gemeinsam mit dem Institut für Klassische Archäologie 1949 in das Haus der Kulturinstitute. Doch es gab keine Ausstellungsräume und es wurden keine Neuerwerbungen getätigt.

Erst als 1959 Ernst Homann-Wedeking als Direktor die Nachfolge Buschors antrat, änderte sich die Situation. In den 1960er Jahren wuchs der Bestand durch Schenkungen, Tausch mit anderen Sammlungen und durch die Unterstützung der Universitätsgesellschaft.

Damit stellte sich auch die Frage nach Ausstellungsräumen für das Abgussmuseum neu. Als Favorit galt Anfang der 1970er Jahre die noch halb zerstörte Allerheiligen-Hofkirche. Diesen Plan verwarf man jedoch und stellte die Abgüsse im Haus der Kulturinstitute provisorisch zwischen Trennwänden im zweiten Stock auf.